La formation des marais remonte à la dernière glaciation. A cette époque, il y a environ 18000 ans, le glacier du Rhône recouvrait notre région. Suite au réchauffement progressif du climat, il y a environ 14000 ans, la calotte glacière s'est retirée du Plateau. De petits lacs ainsi que des zones marécageuses ont subsisté.
Favorisée par un climat doux, une végétation fournie s'est développée. Dans ce milieu saturé d'eau, où l'offre en oxygène pour les microorganismes était faible, les restes des plantes mortes ne se décomposaient pas totalement. Les débris végétaux se déposèrent sur le fond des lacs qui, avec le temps, s'atterrirent. Sur cette nouvelle terre ferme encore humide, une forêt marécageuse a poussé, composée de saules, de bouleaux et d'aulnes.
La formation des marais de Guin aurait ainsi pu être achevée. La pluie a toutefois emporté les substances nutritives. Faute d'apports en nutriments par des eaux superficielles, les marais on peu à peu été lessivés. Dans ces conditions les sphaignes se sont développées. Elles proliférèrent et repoussèrent la forêt. En l'absence d'oxygène, les sphaignes mortes ne purent se décompenser. Elles se déposèrent et formèrent la tourbe.